أنشئ جامع الأقمر على تخطيط في شكل مستطيل غير منتظم الأضلاع إلى الخارج، أما الحدود الداخلية فإنها منتظمة.

ويشكل المسجد صحنا مفتوحا محاطا بأربعة أروقة؛ أكبرها ذلك الذي في اتجاه قبلة الصلاة، وتعلو الأروقة الأربعة قباب صغيرة. ويقع المدخل الرئيسي للمسجد وسط الواجهة الشمالية المقسمة إلى ثلاثة أجزاء؛ حيث يبرز المدخل في الجزء الأوسط عن الحائط.

ويعد المسجد واحدا من المساجد المعلقة؛ إذ أنشئ فوق منطقة تسوق. و هو أيضا أول مسجد بواجهة تضم زخارف هندسية رائعة. وقد بنيت الواجهة موازية للشارع وليست موازية للصحن؛ ولهذا فإن المسجد ينحرف بالنسبة للواجهة.

وللمدخل عقد معشق، تعلوه مروحة تشكل عقدا فارسيا تتوسطه دائرة.
الأبعاد

العرض ٣٠ م
الطول ٧٠ م